Horacio Elizondo fue uno de los árbitros que la FIFA apuntó como sucesor de Pierluigi Collina. El argentino, de destacada trayectoria en el fútbol de su país y en las competencias internacionales de la Conmebol, llegó al Mundial de 2006 en su climax de competencia con otras dos copas en su espalda y más de 1,400 partidos dirigidos.
En ese mismo torneo, el argentino marcó una historia en el deporte al dirigir cinco encuentros sobre siete fechas posibles incluyendo el partido inaugural entre Alemania y Costa Rica, y la final del mismo entre Italia y Francia, donde la azzurra conquistó su cuarto título y se dio una de las jugadas más polémicas de la historia.
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Restaban 10 minutos para el final del tiempo suplementario cuando Zidane le dio un cabezazo en el pecho a Materazzi, luego de que este lo insultara. En ese momento, asistido por uno de los jueces de línea, Elizondo le mostró la roja a la gran figura de ese Mundial en una situación que generó controversia ya que varios acusaron al asistente de ver la jugada en pantalla gigante y no en vivo.
En una entrevista con La Nación de Argentina, Elizondo recordó años atrás: "Para mí, es algo vivido y es parte del pasado. Y si no aparece alguien de ustedes que me las hace revivir, no las revivo. Lo que si me pasó es con mis dos hijos menores, que son varones, en el 2006 eran muy chicos y no tienen en claro lo que hizo su papá. Entonces me empezaron a preguntar dónde pueden verlo y qué fue lo que pasó. Recién ahora, acá, empecé a tener la necesidad de volver a ver la final. Jamás la vi. Pasaron 12 años y jamás volví a ver los 90 minutos de la final. Recuerdo un montón de cosas de los 5 partidos que dirigí, pero todavía no me senté a ver el partido por partido para ver qué hice y cómo lo hice. Y qué me traerá ese recuerdo...".
A fin de ese año, el juez decidió poner punto final a su carrera y desistió de ofertas en Medio Oriente para continuar. Desde entonces, tuvo etapas en la política de argentina vinculada a los deportes y también al referato, pasando por la Asociación del Fútbol Argentino y la de Paraguay. Finalmente, en 2018 puso un alto y desde entonces se destaca como comentarista y analista de jugadas en la televisión de su país.
A comienzos de diciembre de 2016, el Comité de Regularización de la AFA lo nombró como director de la Dirección de Arbitraje Nacional.